Buku 4 berisi: Pelanggaran hukum perang; pengadilan politik; perkosaan, perbudakan, dan bentuk lain kekerasan seksual; pelanggaran hak anak; hak ekonomi sosial budaya.
Buku 3 berisi: Pemindahan paksa dan kelaparan, Penahanan sewenang-wenang, penyiksaan, dan penganiayaan
Buku 2 berisi: Hak penentuan nasib sendiri, Pembunuhan di luar hukum dan penghilangan paksa.
Buku 1 berisi: Pengantar, mandat komisi, konflik, rezim pendudukan, perlawanan: struktur dan strategi, dan profil pelanggaran hak asasi manusia.
Kronologis peristiwa Liquica menurut versi TNI dan versi gereja.