Otonomi Khusus (Otsus) dan referendum adalah dua sisi mata uang. Keduanya merupakan tampilan dari satu pokok persoalan yang sesungguhnya sama: nasib dan masa depan orang Papua, terutama Orang Asli Papua. Di masa awal kemunculannya, orang-orang yang awam terhadap isu Papua mendapat satu gambaran bahwa Otsus adalah hasil dari negosiasi politik. Karena negosiasi, bayangan soal otonomi khusus adalah tentang “win-win solution”, tentang solusi yang saling menguntungkan dan tidak menyakiti antara kepentingan Pemerintah Indonesia, utamanya bagi para tokoh politik di Jakarta dan rakyat Papua. Bahwa di satu sisi, Papua tetap bertahan dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia secara sukarela, di sisi lain Orang Asli Papua diberikan keistimewaaan dalam berbagai aspek untuk mengembalikan martabat dan kesejahteraan mereka yang dicabik-cabik di bawah pemerintahan Soeharto.