Saat ini proses pemeriksaan telah masuk pada proses pemeriksaan saksi. Proses ini merupakan proses lebih lanjut setelah diajukannya dakwaan dan tanggapan serta keputusan sela hakim HAM ad hoc atas keberatan penasehat hukum berkaitan dengan kewenangan pengadilan atas perkara. Dengan demikian proses pemeriksaan saksi ini pertama-tama di dasarkan pada usaha untuk memperoleh keterangan mengenai fakta hukum yang berkaitan dengan butir-butir yang di dakwakan dalam surat dakwaan jaksa penuntut umum ad hoc. Upaya ini dilakukan melalui pertanyaan-pertanyaan yang diajukan pada saksi di muka sidang pengadilan. Pertanyaan-pertanyaan tersebut diturunkan dalam upaya menemukan element of crime dari dakwaan dalam hal ini kejahatan terhadap kemanusiaan (crimes against humanity) dan tanggung jawab komando (command responsibility). Diharapkan pengetahuan saksi atas peristiwa dapat membantu menemukan fakta hukum yang dibutuhkan dalam pencarian kebenaran di muka persidangan.

Dengan demikian dalam tahap ini kemampuan jaksa penuntut umum untuk merumuskan secara jelas unsur kejahatan dari dakwaan yang telah dirumuskan menjadi salah satu faktor penting. Sebab sebagaimana juga diatur dalam aturan pembuktian KUHAP, keterangan saksi merupakan alat bukti yang utama dalam proses persidangan. Terdapat tiga hal penting yang akan diuraikan lebih lanjut pada laporan ini (1) Pengamatan umum seluruh proses pemeriksaan saksi selama satu bulan, (2) isi kesaksian, dan (3) prosedur pemeriksaan saksi termasuk di dalamnya mengenai hak-hak saksi dalam persidangan-khususnya berkaitan dengan saksi korban.