Menghadapi rangkaian panjang peristiwa pelanggaran HAM masa lalu tersebut, pada awal reformasi, negara telah menancapkan niat untuk menyelesaikannya, sesuai dengan norma-norma dan prinsip HAM serta konstitusi. Negara hendak melaksanakan kewajiban untuk mengingat (duty to remember), kewajiban untuk menghukum setiap bentuk kejahatan pelanggaran HAM (duty to prosecute), dan kewajiban untuk menghadirkan keadilan bagi korban, yang meliputi hak atas kebenaran (right to know the truth), hak atas keadilan (right to justice), dan hak atas pemulihan (rights to reparation). Kewajiban-kewajiban tersebut terimplementasi dalam serangkaian bangunan kebijakan yang telah dibentuk. Penyelesaian masa lalu menjadi salah satu mandat penting reformasi, yang kemudian terimplementasi melalui pembentukan sejumlah undang-undang, hingga regulasi yang bersifat teknis.